Buat musim ini, seluruh tim dibagi ke dalam 16 grup. Terdapatpun mereka (tuan rumah) adalah Persikota Tangerang, Persipasi Kota Bekasi, Persika 1951 Karawang, Persikas Subang, Dejan FC, Persigar Garut, PSGC Ciamis, Persip Pekalongan, Persiku Bersih, PSDB Demak, Persiba Bantul, HW UMY, Persibo Bojonegoro, Persekabpas Pasuruan, Persedikab dan NZR Sumbersari.
Loyalp grup diisi oleh lima tim dengan format home tournament setengah kompetisi. Pemenang dan runner up gruplolos ke babak 32 besar.
Babak 32 besar berlangsung tanggal 11 hingga 16 Mei 2024 dan dibagi ke dalam 8 grup yang diisi oleh 4 tim, dengan menggunakan sistem home tournament setengah kompetisi. Pemenang dan runner up grup berhak lolos ke babak 16 besar.
Babak 16 besar akan berlangsung dari tanggal 19 sampai 24 Mei 2024, masih dengan format kompetisi yang sama (home turnamen setengah kompetisi, dimana juara dan runner up lolos ke babak berikutnya (babak 8 besar), kemudian untuk babak 8 besar, format kompetisinya masih sama seperti di babak sebelumnya dan berlangsung tanggal 27 Mei sampai 1 Juni 2024.
Babak semifinal akan berlangsung tanggal 4 Juni 2024 dengan sistem knock out-single match, pemenang pertandingan akan lolos ke final. Laga final akan berlangsung tanggal 7 Juni 2024.
Hasil Drawing Kompetisi Aliansi 3 Putaran Nasional Pahamn 2023/2024:
Grup A: MBS United Batam, Persikota Tangerang, Persab Brebes, Kertanegara Mesra FC, Persidago Gorontalo
Grup B: Tornado FC, PCB Persipasi Kota Bekasi, PS Kabupaten Tapin, PS Mataram, Morotai FC
Grup C: PS Siak, Persika 1951 Karawang, Cimahi Putra, Singaraja Area Nyaman, PS Boalemo
Grup D: PS PTPN III, Persikas Subang, Persibangga, Caladium FC, Maluku FC
Grup E: PS Palembang, Harnas 31 Grup, Dejan FC, Perse Ende, PS Pelauw Putra
Grup F: PSAB Aceh Besar, Persikasi Bekasi, Persigar Garut, Pasuruan United, Persipani Paniai
Grup G: Labura Hebat FC, Persitara Jakarta Utara, PSGC Ciamis, Perseden Denpasar, Persim Maros
Grup H: PSBL Langsa, ASIOP, Persip Pekalongan, PSN Ngada, Waanal Brother
Grup I: 757 Kepri Jaya, Persipu, Persiku Bersih, PS Polmas, Persipal Palu
Grup J: Persidi IDI, Persipo Purwakarta, PSDB Demak, Universitas Surakarta FC, Persegaf
Grup K: Persibri Batang Hari, Persikat Ketapang, Persiba Bantul, PSM Madiun, Bandar Sulteng FC
Grup L: Josal FC Piyaman, Serpong City FC, PSHW UMY Yogyakarta, Putra Bilangansa Kapal, Persmin Minahasa
Grup M: Tri Brata Raflesia, Persic Cilegon, PSIW Wonosobo, Persibo Bojonegoro, QDR Makassar
Grup N: Persimuba, PS Beltim, Persetala Tanah Laut, Persekabpas Pasuruan, Mangiwang FC
Grup O: Peureulak Raya, Adhyaksa Farmel FC, PSIK Klaten, Persedikab Kediri, Persibone
Grup P: PSPP Padang Panjang, Kalbar United, PS Bakat Banua, NZR Sumbersari Malang, UHO MZF FC. ***
